神奇宝贝动画目前为止已经播放了4个主要系列，分别对应了主系列游戏的内容，按先后的播出顺序分为第一部的关都地区石英联盟篇、橘子群岛橘子联盟篇（动画原创）、城都地区城都联盟篇、第二部的丰缘地区丰缘联盟篇、关都地区对战开拓区篇、第三部的神奥地区神奥联盟篇和第四部的合众地区合众联盟篇。第四部的超级愿望为该系列的最后一部，也就是说超级愿望出完以后神奇宝贝动画系列不会再出TV版本的新内容。 　　不同于游戏，动画中，神奇宝贝具有了更多类似人类的特质，有个别神奇宝贝甚至可以讲人话，例如火箭队的喵喵。 　　动画中揭示了更多人类与神奇宝贝相处的历史，比如宝贝球是在近代才出现的物品，而大木博士在少年时所使用的宝贝球也与当代的样子不同。在宝贝球的发明和大规模生产之前，城都地方的人们还会使用圆柑果实来捕捉神奇宝贝。而在远古时期，神奇宝贝被称为魔兽，人类使用魔兽装具来控制这种生物。